1991年4月，设置审计机构，挂靠财务办公室。

　　1996年5月，成立审计科，与纪检、监察室合署办公，配备专职审计人员。

　　2005年3月，设立审计处，为学校直属、独立的正处级内部审计机构。

　　2009年7月，审计处下设综合审计科和工程审计科。

　　2018年6月，学校成立审计中心，审计中心常设办公室挂靠审计处。

　　2019年5月，审计处增设财经审计科，原综合审计科更名为综合审计科（审计中心办公室）。

  2021年4月，学校成立中共广西医科大学委员会审计委员会，下设办公室在审计处。